A versão originalmente instalada com o RedHat / CentOS 5.3 é a 4.3p2, e é meio antiga. A nova versão 5.2p1 possui várias novas funcionalidades, mas a melhor é a possibilidade de restringir o HOME do usuário para um diretório específico, ou seja, fazer um chroot, assim sendo, com o chroot implementado é possível liberar acesso SSH a um usuário sem que ele tenha acesso ao Sistema inteiro.

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Instalar componentes necessários para compilação do OpenSSH

yum install gcc make automake bison autoconf libtool zlib-devel pam-devel libselinux-devel openssl-devel

Baixar o OpenSSH

wget ftp://ftp.openbsd.org/pub/OpenBSD/OpenSSH/portable/openssh-5.2p1.tar.gz

Descompactar

tar zxvf openssh-5.2.tar.gz -C /usr/src
cd /usr/src/openssh-5.2p1

Compilar e instalar

./configure --sysconfdir=/etc/openssh --with-pam --with-selinux --with-md5-passwords
gmake
gmake install

Ao final do processo de instalação, se tudo correr bem, serão geradas as chaves públicas e privadas.

Generating public/private rsa1 key pair.
Your identification has been saved in /etc/openssh/ssh_host_key.
Your public key has been saved in /etc/openssh/ssh_host_key.pub.
The key fingerprint is:
ba:eb:9e:21:24:4e:f8:be:f5:1f:14:b2:48:e8:aa:aeomain
The key's randomart image is:
+--[RSA1 2048]----+
|                 |
|   .             |
|  . . . .        |
| o . . o .       |
|. + o . S        |
| = o   o         |
|. o o o .        |
|.. . o + .       |
|E.o. oBo.        |
+-----------------+
Generating public/private dsa key pair.
Your identification has been saved in /etc/openssh/ssh_host_dsa_key.
Your public key has been saved in /etc/openssh/ssh_host_dsa_key.pub.
The key fingerprint is:
c0:ea:e1:05:43:16:43:a1:57:12:30:32:49:ab:4f:01omain
The key's randomart image is:
+--[ DSA 1024]----+
|EoooX+.          |
|.+.= =           |
| .o + o          |
|.  o + .         |
|. . o . S        |
| o o o           |
|  . o            |
|                 |
|                 |
+-----------------+
Generating public/private rsa key pair.
Your identification has been saved in /etc/openssh/ssh_host_rsa_key.
Your public key has been saved in /etc/openssh/ssh_host_rsa_key.pub.
The key fingerprint is:
2e:ac:9b:a4:f2:22:ba:12:50:14:a4:64:9d:a6:8e:46omain
The key's randomart image is:
+--[ RSA 2048]----+
| ==..            |
|o..+             |
|..o              |
|.E               |
|=       S        |
|oo   . .         |
|..  . o .        |
|=  o o .         |
|*=o +.           |
+-----------------+

Verificando a versão instalada

/usr/local/bin/ssh -V

OpenSSH_5.2p1, OpenSSL 0.9.8e-fips-rhel5 01 Jul 2008

Configurando o OpenSSH para iniciar no boot e substituir a versão original

cd /etc/init.d
cp sshd sshd.orig

Editar o arquivo /etc/init.d/sshd para que o início fique parecido com o seguinte, de acordo com a nova realidade

#!/bin/bash
#
# Init file for OpenSSH server daemon
#
# chkconfig: 2345 55 25
# description: OpenSSH server daemon
#
# processname: sshd
# config: /etc/openssh/ssh_host_key
# config: /etc/openssh/ssh_host_key.pub
# config: /etc/openssh/ssh_random_seed
# config: /etc/openssh/sshd_config
# pidfile: /var/run/sshd.pid

# source function library
. /etc/rc.d/init.d/functions

# pull in sysconfig settings
[ -f /etc/sysconfig/sshd ] && . /etc/sysconfig/sshd

RETVAL=0
prog="sshd"

# Some functions to make the below more readable
KEYGEN=/usr/local/bin/ssh-keygen
SSHD=/usr/local/sbin/sshd
RSA1_KEY=/etc/openssh/ssh_host_key
RSA_KEY=/etc/openssh/ssh_host_rsa_key
DSA_KEY=/etc/openssh/ssh_host_dsa_key
PID_FILE=/var/run/sshd.pid

...

O que basicamente foi feito foi alterar os caminhos para os arquivos.

Erro ao conectar no SSHd após sua instalação

Após a atualização do OpenSSH e reiniciar o serviço, ao tentar conectar novamente no servidor a seguinte mensagem será apresentada:

@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@    WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED!     @
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
IT IS POSSIBLE THAT SOMEONE IS DOING SOMETHING NASTY!
Someone could be eavesdropping on you right now (man-in-the-middle attack)!
It is also possible that the RSA host key has just been changed.
The fingerprint for the RSA key sent by the remote host is
2e:ac:9b:a4:f2:22:ba:12:50:14:a4:64:9d:a6:8e:46.
Please contact your system administrator.
Add correct host key in /Users/daniel/.ssh/known_hosts to get rid of this message.
Offending key in /Users/daniel/.ssh/known_hosts:33
RSA host key for 192.168.99.131 has changed and you have requested strict checking.
Host key verification failed.

Isso acontece por que foram geradas novas chaves para o host.
Resolver isso é simples, basta editar o arquivo ~/.ssh/known_hosts e ir até a linha que é referente ao host, que é mostrada pela linha

Offending key in /Users/daniel/.ssh/known_hosts:33

ou seja, a chave do host está na linha 33 do arquivo knows_hosts. Editar o arquivo e ir até a linha 33 e apagá-la. Salve o arquivo.
Ao tentar conectar no servidor novamente:

ssh -l root 192.168.99.131

The authenticity of host '192.168.99.131 (192.168.99.131)' can't be established.
RSA key fingerprint is 2e:ac:9b:a4:f2:22:ba:12:50:14:a4:64:9d:a6:8e:46.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? yes

Warning: Permanently added '192.168.99.131' (RSA) to the list of known hosts.

Para confirmar que o SSHd novo é o que está rodando, execute o comando

ps awx |grep sshd

10520 ?        Ss     0:00 /usr/local/sbin/sshd
10579 ?        Ss     0:00 sshd: root@pts/0

repare na linha referente onde está o novo binário /usr/local/sbin/sshd, isto confirma que o novo SSHd está sendo executado.